En un inicio, la producción de uva se destinó únicamente a la elaboración de vino, pero poco a poco se abrió paso también el aguardiente. Según el historiador Lorenzo Huertas, la producción del aguardiente de uva se habría iniciado a fines del siglo XVI; a su vez, estudios de Brown Kendall y Jakob Schlüpman indican que "la expansión del mercado del vino y el aguardiente se produjo en el último tercio del siglo XVI".
El investigador peruano Emilio Romero explica que, en 1580, Francis Drake incursionó en el puerto de Pisco y pidió un rescate por los prisioneros que tomó; los aldeanos para completar el rescate le pagaron con 300 botijas de aguardiente de la zona. Luego en 1586 se prohibe la venta de "vino cocido" en Panamá y en 1616 se prohíbe en Guatemala ya que los "vinos del Perú, que por ser fuertes, nuevos y por cocer, causan a los indios generalmente muy grande daño".
En 1613 se inscribe un testamento que deja constancia documental de la elaboración de este producto. Dicho testamento es de un residente de Ica, llamado Pedro Manuel "el Griego", natural de Corfú, datado ese año, y que se encuentra custodiado en el Archivo General de la Nación, en Lima, dentro de los protocolos notariales de Ica, en el protocolo Nº 99 del notario Francisco Nieto, de fecha 30 de abril de 1613.
En este documento, dicho residente, señala poseer "treinta tinajas de vurney llenas de aguardiente, más un barril lleno de aguardiente que terna treinta botixuelas de la dicha aguardiente", más los implementos tecnológicos para producir esta bebida destilada, "[...] una caldera grande de cobre de sacar aguardiente, con su tapa de cañón. Dos pultayas la una con que pasa el caño y la otra sana que es más pequeña que la primera.". De todos modos, sería posible concluir la producción de aguardiente un tiempo atrás; al respecto, Lorenzo Huertas señala que debe tenerse en cuenta "que, si bien en 1613 se firmó el testamento, esos instrumentos de producción existieron mucho antes".
La primera identificación del aguardiente con el lugar, habría sido realizada en 1630 por el español peninsular Francisco López de Caravantes, quien expuso en su obra Noticia General del Perú que "el valle de Pisco, sigue siendo el mas abundante de excelentes vinos de todo el Perú.
Desde allí uno que compite con nuestro Jerez, el llamado "aguardiente de Pisco", por extraerse de la uva pequeña, es uno de los licores mas exquisitos que se bebe en el mundo.".[cita requerida] Posteriormente el cronista Bernabé Cobo, en la "Historia del Nuevo Mundo", en 1719, describe que "Los indios de la sierra y de la costa aprecian mucho la chicha, pero aún más el aguardiente que se destila en el valle de Pisco, del que toma su nombre. Lo almacenan en tinajas de asperón llamadas botijas.'".' Por otro lado, el alemán Johann Takob Von Tschudi, en Testimonio del Perú, explica en 1838 que "De la mayor parte se destila aguardiente, el cual como se comprenderá es exquisito. Todo el Perú y gran parte de Chile, se aprovisionan de esta bebida del valle de Ica. El aguardiente común se llama aguardiente de Pisco porque es embarcado en este puerto"
El inglés Hugh Salvin realata en 1824 que "La ciudad de Pisco, casi a una milla de la playa, Este distrito es conocido por la fabricación de un licor fuerte que lleva el nombre de la ciudad “.
Por su parte, el inglés Charles Milner Ricketts indica en 1826 que "[Para] proteger a los terratenientes de Pisco en la destilación de su aguardiente se prefiere el aguardiente de Pisco considerar también los productos que el Perú exporta a Chile y Guayaquil aguardiente de Pisco constituyen los artículos que suministra el Perú"
